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Organizzatori
Mario R. Guarracino
Roberto Vaccaro
Lorenzo Verdoscia
Isituto di Calcolo e Reti ad Alte Prestazioni
ICAR-CNR

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   Date   
Il workshop si terrà mercoledì 19 dicembre 2007.
La partecipazione è gratuita per gli iscritti.
Per garantire a tutti i partecipanti la migliore accoglienza e per motivi organizzativi e tecnici, preghiamo di confermare la presenza entro il
10 Dicembre 2007 utilizzando il modulo di iscrizione.
  Sommario  

Nell'ambito della Biologia Computazionale e della Bioinformatica, il tema delle architetture basate su chip ManyCore, contenenti migliaia di unità di elaborazione, è attivamente dibattuto per le notevoli implicazioni e opportunità offerte.

E' noto che il numero di sequenze genomiche disponibili raddoppia ogni dodici mesi, laddove, in accordo con la legge di Moore, la potenza di calcolo raddoppia soltanto ogni diciotto mesi. Inoltre, sia che si tenti di ricostruire la storia evolutiva di un insieme di proteine, cercando di caratterizzare la forma in cui si piegano, sia che si cerchino corrispondenze tra geni in diversi genomi, il costo di tali operazioni cresce almeno con il quadrato della lunghezza delle sequenze coinvolte.

Gli attuali sistemi di calcolo ad alte prestazioni hanno una bassa produttività, alti consumi energetici e lunghi tempi di sviluppo delle applicazioni. Nuove architetture ManyCore e nuovi modelli di programmazione possono costituire una valida risposta a tali problemi.

Scopo del presente workshop è di delineare promettenti tematiche di ricerca multidisciplinari e di proporre specifiche aree di intervento che possano rappresentare un punto di partenza e aggregazione tra ricercatori dei settori pubblico e privato.

Nel workshop saranno evidenziate le problematiche attuali, il loro rilievo, le soluzioni esistenti e le potenzialità future.

Il workshop è rivolto agli operatori dell'ICT e delle Scienze della Vita.

  Programma  

9.00 - 9.30 Introduzione

9.30 - 10.00 HPC and GRID challenges in Bioinformatics. Luciano Milanesi ITB - CNR

10.00 - 11.00 Modelli di Programmazione ed Architetture per i Sistemi ManyCore: Sfide ed Opportunità per i prossimi 10 anni. Roberto Vaccaro ICAR - CNR

11.00 - 11.30 Pausa

11.30 - 12.00 Processori many-core: l'approccio integrato computazionale - esecutivo. Lorenzo Verdoscia ICAR - CNR

12.00 - 12.30 High performance computing per l’annotazione
e il mining di genomi interi
Giovanni Paolella CEINGE - Università di Napoli

12.30 - 13.00 Il problema della identificazione di reti genetiche e del 'modo di azione' dei farmaci. Diego Di Bernardo Telethon - Tigem

13.00 - 13.30 Nuove prospettive e sfide computazionali nella ricerca biomedica. Angelo Facchiano ISA - CNR

13.30 - 14.00 From Kolmogorov and Shannon to Bioinformatics and Grid Computing. Raffaele Giancarlo Università di Palermo

14.00 - 15.00 Pausa

15.00 - 15.30 Tecniche di machine learning per la classificazione di specie batteriche. Maurizio Urso ICAR - CNR

15.30 - 16.00 SPEAr an Hw/Sw reconfigurable multi processor architecture. Claudio Parrella ST Microelettronics

16.00 - 16.30 SGI: le nuove frontiere dell’ HPC Sergio Re SGI

16.30 - 17.00 Conclusioni